Organizační struktura

Ředitelství
Interní audit
Referát sekretariátu ředitele
Referát komunikace a marketingu 

Odbor ekonomický a správní
Ekonomicko-finanční oddělení
Správní a investiční oddělení 
Pokladna

Odbor starého umění
Oddělení Arcidiecézní muzeum Olomouc
Oddělení Arcidiecézní muzeum Kroměříž

Odbor ochrany sbírkového fondu
Oddělení sbírek a dokumentace
Oddělení restaurátorské

Odbor moderního a současného umění
Oddělení Muzeum moderního umění – Středoevropské forum Olomouc
Oddělení Knihovna MUO 

Odbor edukační, produkční a výstavní
Edukační oddělení
Produkční oddělení
Oddělení výstavní